La Terra è sotto la minaccia dei Mikenes, ovvero l’antico popolo greco dei Micenei, che un cataclisma aveva costretto a rifugiarsi per millenni nelle viscere del pianeta, affidando la loro sopravvivenza a un sole artificiale e per questo i loro corpi divennero deboli e per sopravvivere devono trasformarsi in cyborg. In tempi più recenti un gruppo di ufficiali guidati dal perfido generale Nero, che hanno convertito i propri corpi in quelli di giganteschi automi, si impadronisce del regno e ne trasforma la popolazione, parte in soldati robot (tra questi anche il loro monarca, principe Kerubinus, che viene imprigionato) e parte in mostri da combattimento, con l’evidente scopo di iniziare una guerra di conquista.
A capo dei Mikenes vi è il malvagio Supremo Imperatore delle Tenebre[2] che risveglia il suo popolo per spingerlo a lasciare il sottosuolo e tornare a vivere sulla Terra.
Riappaiono il Granduca Gorgon e il Dottor Inferno[3] salvato dall’Imperatore delle Tenebre alla fine della serie precedente; il dr.Hell ha ora un occhio bendato ed è diventato un cyborg, ovvero il Grande Maresciallo del Demonio.
Per contrastare i Mikenes viene costruito il robot Grande Mazinger da Kenzo Kabuto, figlio di Juzo Kabuto (creatore di Mazinga Z) e padre di Shiro e Koji Kabuto[4], pilota di Mazinga Z. Il Grande Mazinger riprende ed evolve la tecnologia di Mazinga Z, corazzato con una nuova superlega chiamata Nuova Zeta o NZ, e meglio armato: può ad esempio lanciare potentissime scariche elettriche e scagliare un boomerang che porta sul petto; possiede inoltre la capacità di volare grazie a due ali retrattili.
